مهرداد خدير- استعفای آیت‌الله شیخ محمد یزدی نایب رییس دوم مجلس خبرگان رهبری از دبیری این مجلس که پس از غیبت او در افتتاحیه اجلاسیه ششم این نهاد رخ داد این ذهنیت را ابتدا در محافل سیاسی و افکار عمومی ایجاد کرد که اختلاف او و آیت‌الله هاشمی رفسنجانی چنان بالا گرفته که نه تنها در نشست خبرگان رهبری شرکت نکرد و در هیات رییسه و کنار رییس مجلس خبرگان رهبری ننشست بلکه حاضر به ادامه کار هم نیست و از آن نهاد به تمامی کناره گرفته است. اما اندکی دقت روشن می‌کرد که آقای یزدی از نمایندگی و نیابت ریاست مجلس خبرگان استعفا نکرده است بلکه این کناره‌گیری تنها از دبیری یا مسوولیت دبیرخانه بوده همچنان که فرزند او توضیح داد: «فقط از مسوولیت دبیرخانه بوده نه از نایب رییسی». البته هاشمی رفسنجانی نیز با آرزوی بهبودی و سلامت این استعفا را نپذیرفت. آنچه در بادی امر استعفای شیخ محمد یزدی را غیرمنتظره جلوه می‌داد چند سبب داشت: اول این که «استعفا» در قاموس مقامات ارشد جمهوری اسلامی واژه چندان رایجی نیست. اگر هم این کلمه را درباره برخی مناصب و خصوصاً اعضای دولت می‌شنویم در واقع شکل محترمانه برکناری است و از افراد خواسته می‌شود قبل از آن که برکنار شوند استعفا کنند. در عرفان ما نیز این تعبیر رایج است که «موتوا قبل ان تموتوا» - (بمیرید قبل از آن که بمیرید!). اما وقتی امکان برکناری توسط مقام بالادست وجود نداشته باشد استعفایی در کار نیست. نه که استعفا نیست که بازنشستگی هم نیست و این گونه است که آیت‌الله شیخ احمد جنتی در دهه نهم عمر خود آن گونه پیگیر شورای نگهبان است که سی سال پیش و خستگی نمی‌شناسد و باز با همان حرارت اما به لحاظ جسمی کم‌توان و پرزحمت در نمازجمعه تهران حاضر و در خطبه‌ها خواستار دستگیری «سران اصلی اغتشاشات» می‌شود.

دوره اول مجلس شورای اسلامی
اول: در نخستین دوره مجلس شورای اسلامی، محمد یزدی به عنوان نماینده قم به آن راه یافت. با پیشینه‌ای که ذکر آن به اختصار رفت طبیعی است که به هیات رییسه نیز راه یافت. اعضای هیات رییسه مجلس اول عبارت بودند از: «هاشمی رفسنجانی، محمد یزدی، اسدالله بیات، موسوی خوئینی‌ها و مرتضی الویری». (بعدها مهدی کروبی نیز به این جمع راه یافت). از این جمع اما اکنون تنها آقای یزدی است که از وضعیت پس از انتخابات راضی است. هاشمی رفسنجانی معترض است و آقای بیات که در عداد مراجع تقلید درآمده به صراحت انتقاد می‌کند. موسوی خویینی‌ها حامی مهندس موسوی و در کنار خاتمی است و مرتضی الویری نیز ناباورانه و پس از فعالیت به نفع مهدی کروبی به حبس افتاده است. با این حال حضور شیخ محمد یزدی در قاب عکس هیات رییسه اول مجلس نشان می‌دهد به رغم فضای آن سال‌ها بیرون گود نبوده است و مثل خیلی از کسانی که از آقای احمدی‌نژاد حمایت می‌کنند نورسیده و نوخاسته یا دیرآمده نیست. در آن مجلس او نقش دوگانه‌ای را ایفا می‌کرد: از یک سو نماینده روحانیت سنتی بود و از جانب دیگر آنجا که بحث دیدگاه‌های امام در تقابل با آن به میان می‌آمد جانب امام را می‌گرفت و از این حیث با افرادی چون آیت‌الله احمد آذری‌قمی متفاوت بود که تنها از سنت دفاع می‌کردند. (یک بار که بحث‌مالیات در مجلس مطرح بود آذری قمی ناگاه خواستار قطع مذاکرات و بیان یک تذکر شد و هاشمی رفسنجانی در جایگاه رییس مجلس شگفت‌زده پرسید:  آقای آذری! چه اشکال شرعی وارد می‌دانید که خواستار تذکر شرعی شده‌اید؟ او پاسخ داد: «مالیات حرام است». هاشمی گفت: این فتوای امام است و در حکومت اسلامی مالیات شکل گذشته و قبل از جمهوری اسلامی را ندارد ولی آذری قمی از موضع خود عقب ننشست و تاکید کرد این نیز موضع من و عده‌ای از فقهاست. روزنامه اطلاعات نیز این جمله او را با تیتر درشت منعکس کرد که «مالیات حرام است».) با این که به نظر می‌رسید شیخ محمد یزدی نیز درباره مواردی چون اخذ مالیات توسط دولت، اشتغال و تحصیل و حق رای زنان، پخش موسیقی – ولو غیرغنایی – از صدا و سیما، پرداخت سود بانکی ولو با عنوان کارمزد یا علی‌الحساب، دخالت دولت در روابط کارگر و کارفرما و مواردی از این دست دیدگاه‌های سنتی و مشابه آذری قمی و سنتی‌ها دارد که جملگی را حرام و ممنوع می‌دانند اما او به فقه حکومتی نیز نظر داشت و اقتضائات حکومت‌داری را می‌فهمید و اگر هم مخالفت می‌کرد برای افزایش نقش روحانیت سنتی بود نه کناره‌گیری آنها. در صدر مشروطه نیز شیخ فضل‌الله نوری بیش از آن که کناره‌جو باشد مداخله می‌کرد و البته حق و سهم را به روحانیت می‌داد نه این که سیاست را مانند برخی نجس بپندارند. با این حال حضور آقای یزدی در مجلس چندان مستمر نبود و در دوره‌های بعد نه توانست از قم رای بیاورد و رقابت را به شیخ دیگر – صادق خلخالی – واگذار می‌کرد و نه از تهران. امام اما او را به عضویت شورای نگهبان منصوب کرد تا این نهاد پاسدار «سنت» باشد و مراقبت کند که مصوبات مجلس مغایرتی با احکام شرع نداشته باشد. (قانون اساسی وظیفه این شورا را تطبیق قوانین مصوب با اسلام و شرع نمی‌داند و همین که مغایرت نداشته باشد کافی است و سخت‌گیری‌های بعدی نسبتی با قانون اساسی و اندیشه امام ندارد).

حزب موتلفه اسلامی
دوم: آقای یزدی بیش از روحانیون دیگر، به موتلفه نزدیک بوده است. بیهوده نبود که پس از رحلت امام – که با حکم آیت‌الله خامنه‌ای به ریاست قوه قضاییه رسید – بلافاصله به رهبران موتلفه میدان داد و پای آنها را به قوه قضاییه باز کرد. مرحوم حاج حبیب‌الله شفیق رییس دفتر او شد و سیدرضا زواره‌ای را نیز به ریاست سازمان ثبت منصوب کرد. موتلفه‌ای که در دوران ریاست آیت‌الله موسوی اردبیلی و مسوولیت آیت‌الله موسوی خویینی‌ها در قوه قضاییه و در دهه 60 دستی در این قوه نداشتند اکنون جایگاهی در آن می‌یافتند. این ارتباط را شیخ همچنان حفظ کرده است. می‌توان گفت همان نسبتی را که جبهه مشارکت با موسوی خویینی‌ها و کارگزاران سازندگی با هاشمی رفسنجانی دارد، موتلفه هم با محمد یزدی دارد. او در کتاب خاطرات خود می‌نویسد و به تعبیر درست‌تر «می‌گوید»: «یکی از مقاطعی که بنده را با ارزش کار هیات‌های موتلفه آشنا کرد اختلاف مختصری بود که میان مرحوم آیت‌الله طالقانی و حضرت امام رخ داد. یکی از اعضای هیات موتلفه به صراحت در جلسه رسمی گفت: «آقای طالقانی باید تکلیف خودش را با این جوانان (مجاهدین خلق – بعداً منافقین) روشن کند یا با این جوانان همراه شود یا در خط امام حرکت کند.
منافقین قابل هدایت نیستند و روش آقای طالقانی خطرناک است چرا که در اصل دیگران هستند که باید دنبال انقلاب و امام حرکت کنند نه این که ما دنبال دیگران باشیم». ]کتاب خاطرات – صفحه 349[

جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
سوم: آیت‌الله یزدی در حال حاضر رییس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم است. تشکیلاتی که در تمام این سال‌ها کوشیده است نماد گرایش غالب سیاسی در قم باشد. پیش از انقلاب از جانب جامعه مدرسین او مامور مراجعه به منازل مراجع و گفت‌وگو با طلاب معترض (پس از مقاله روزنامه اطلاعات) می‌شود.
او در خاطرات خود درباره پیش از انقلاب می‌گوید: «روی پله‌ای ایستادم و بعد از بسم‌الله و خطاب به حضار گفتم: برای چه گریه می‌کنید؟ گریه چه خاصیتی دارد؟ مگر با گریه کارها درست می‌شود؟» ]صفحه 263[ آن گاه از تصمیم بی‌سابقه و عالی جامعه مدرسین یاد می‌کند: «صدور اعلامیه و خلع شاه از سلطنت».
با این که هویت جامعه مدرسین با مرجعیت گره خورده و عجین بود اما نگاه حکومتی آنها سبب شد که پس از پیروزی انقلاب و هنگامی که اختلاف بی‌سابقه‌ای میان امام در جایگاه «مرجع /رهبر» با آیت‌الله سیدکاظم شریعتمداری به عنوان مرجع -«اما متهم به اطلاع از کودتا علیه جمهوری اسلامی»- حادث شد جامعه مدرسین در اقدامی بی‌سابقه دوباره اعلامیه «خلع» صادر کند و این بار نه برای خلع کردن شاه از سلطنت که برای خلع کردن یک مرجع تقلید از مرجعیت. جامعه مدرسین در اطلاعیه‌ای که روز 31 فروردین 1361 صادر می‌کند در ابتدا یادآور می‌شود: «از روزهای اول نهضت مقدس اسلامی از آقای شریعتمداری امور بسیاری صادر می‌شد که دست‌اندرکاران نهضت به ویژه جامعه مدرسین آنها را شایسته مقام مرجعیت نمی‌دانستند ولی برای حفظ وحدت و انسجام صف (یا صنف) روحانیت از بازگو کردن آنها سخت دوری می‌جستند ولی این شخص کرد آنچه نباید بکند.» در پایان نیز حکم می‌دهد: «کیست که طرح کشتن امام توسط قطب‌زاده و نابودی مردم جماران و براندازی جمهوری اسلامی را بداند و فریاد نزند؟... لذا سقوط مشارالیه را از شایستگی مرجعیت بالصراحه اعلام می‌داریم تا افرادی که دو دل بودند تکلیف خود را بدانند و احیاناً با تقلید خود به انقلاب و اسلام ضربه وارد نکرده باشند.»
در واقع نفوذ امام و ماجرای کودتایی که صادق قطب‌زاده در اعترافات تلویزیونی از آن سخن گفت و سخنانی که آیت‌الله شریعتمداری در اعتراف تلویزیونی بر زبان آورد باعث شد این مرجع تقلید به حاشیه و انزوا برود. اما برای جامعه مدرسین و به تبع آن آیت‌الله یزدی این تصور ایجاد شد که اگر شاه از سلطنت خلع شد به خاطر اعلامیه آنها بوده و اگر هم آقای شریعتمداری از مرجعیت خلع شد باز به سبب اطلاعیه آنان بوده و از این رو در مقاطع دیگر نیز کوشیدند این نقش را ایفا کنند اما هیچ یک نتیجه نداد و به جای این که بر شأن علمی و فقهی این جامعه بیفزاید این تشکیلات را به صورت یک تشکل سیاسی جلوه داد. حمایت و تبلیغ کاندیداتوری ناطق‌نوری و اطلاعیه‌ای با امضای رییس وقت جامعه – آیت‌الله علی مشکینی – علیه سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران در سال‌های اخیر نمونه‌هایی از این نوع موضع‌گیری‌ها به حساب می‌آید. در انتخابات اخیر ریاست جمهوری نیز میان اعضای جامعه مدرسین اختلاف افتاد. گروهی معتقد بودند نباید تجارب گذشته تکرار شود و جامعه مثل یک حزب رفتار و از یک کاندیدا – که روحانی هم نیست – حمایت کند. خصوصاً این که جامعه روحانیت مبارز تهران نیز چنین موضعی داشتند. دوستان و همفکران شیخ محمد یزدی اما معتقد بودند که با همان استدلال که در سال 76 از رقیب سیدمحمد خاتمی حمایت کردند این بار نیز باید از رقیب میرحسین موسوی جانب‌داری کنند. آیت‌الله یزدی نتوانست اعضای جامعه مدرسین را به صدور اطلاعیه‌رسمی متقاعد کند اما به عنوان رییس و از جانب «اکثریت اعضا» اعلام موضع کرد و برخلاف جامعه روحانیت مبارز که سیاست سکوت را پیشه کرده بود به حمایت از احمدی‌نژاد پرداخت.

اولین رییس جمهوری ایران
چهارم: نام محمد یزدی ما را به فضای پرالتهاب سال‌های اول جمهوری اسلامی نیز می‌برد. پس از سخنرانی پرتنش ابوالحسن بنی‌صدر در دانشگاه تهران – 14 اسفند 1359 و در سالمرگ دکتر محمد مصدق – باتوجه به این که جنگ جریان داشت و رییس جمهور، فرمانده کل قوا نیز بود امام دو تدبیر اندیشید: اول این که هیچ یک از سران و طرفین منازعه – بنی‌صدر از یک طرف و بهشتی و هاشمی رفسنجانی و رجایی – سخنرانی نکنند. دوم این که یک هیات سه نفره مرکب از نماینده امام و دو نماینده دیگر از دو طرف اختلافات را بررسی و رفع کنند. دو طرف در عین این که راهکار رهبر فقید انقلاب را پذیرفتند نگران آن بودند که کفه در نهایت به سود طرف مقابل بچربد. بنی‌صدر، امیدوار بود و در عین حال بیم‌ناک. امیدوار به این خاطر که مطلع شد نماینده امام در این هیات آیت‌الله مهدوی‌کنی است که سال پیش از آن تشکل متبوع او – جامعه روحانیت مبارز – از کاندیداتوری او حمایت کرده بود. بیم‌ناک به این خاطر که در طرف مقابل اگرچه بهشتی و هاشمی و رجایی از سخن گفتن در این باره منع شده بودند اما امامت جمعه تهران و ایراد خطبه‌ها با آیت‌الله خامنه‌ای بود که با آنان همفکر و موافق بود. طیف خط امام نیز امیدوار بود و در عین حال بیم‌ناک. امید به این خاطر که کار دست امام افتاده و می‌توانند رهبر فقید انقلاب را راضی کنند و بیم از این جهت که بنی‌صدر، آیت‌الله اشراقی را به عنوان نماینده خود برگزید که داماد امام بود و بسیار به ایشان نزدیک. از این رو بود که بهشتی، هاشمی و رجایی در پی کسی بودند که مانند دو عضو دیگر روحانی باشد و برای این که حسن نیت خود را نشان دهند عضو حزب و مشهور به ضدیت با بنی‌صدر نباشد در عین این که رابطه و میانه‌ای هم با او نداشته باشد. این شخص را یافتند که کسی جز آیت‌الله محمد یزدی نبود. ابتدا این تصور وجود داشت که این هیات 3 نفره – مهدوی‌کنی، اشراقی و یزدی – می‌تواند گره‌ها را باز و شکاف‌ها را ترمیم کند اما شکاف بسا عمیق‌تر و زخم ناسور شده بود. شتاب اتفاقات در بهار سال 1360 چنان بود که این هیات نتوانست کاری از پیش ببرد. در روز پایانی بهار 60، اولین رییس جمهوری ایران را نمایندگان اولین دوره مجلس در جمهوری اسلامی عزل کردند و یک هفته بعد دکتر بهشتی نیز که آن سوی منازعه بود قربانی یک حادثه تروریستی شد. شیخ محمد یزدی نماینده بهشتی، هاشمی و رجایی بود و در پایان تابستان سال 60 از این سه نفر تنها هاشمی باقی مانده بود و خود آقای یزدی.

قوه قضاییه و حذف دادسرا
پنجم: با این که در دوران امام ریاست قوه قضاییه ابتدا با آیت‌الله بهشتی و سپس آیت‌الله موسوی اردبیلی بود اما عنوان رسمی ایندو ریاست دیوان عالی کشور بود و با این که عملاً رییس قوه بودند اما ریس قوه قضاییه خوانده نمی‌شدند چون این قوه را شورای عالی قضایی اداره می‌کرد. هرچند رییس دیوان، رییس شورا هم بود. با این اعتبار آیت‌الله یزدی را می‌توان اولین رییس قوه قضاییه دانست زیرا چنین عنوانی در قانون اساسی بازنگری شده در سال 68 ایجاد و سپس وی به آن منصوب شد. هم با این نگاه هم به سبب دوره عملکردی او در فاصله 68 تا 78 در این مقام، محمد یزدی یادآور قوه قضاییه نیز هست. با ریاست و مسوولیت او از یک سو همان گونه که گفته شد پای موتلفه‌ای‌ها باز شد و از جانب دیگر جناح سنتی روحانیت این فرصت را یافت که قضای اسلامی را صرفاً برپایه سنت برپا دارند. با این که در دوران امام نیز ریاست دستگاه قضا با فقیهان بود اما آنان فقیهانی نواندیش بودند که سنت را کافی نمی‌دانستند و به اجتهاد مستمر و مصلحت باور داشتند. آقایان بهشتی، موسوی اردبیلی، صانعی و خویینی‌ها با این نگاه قوه قضاییه را اداره می‌کردند. در مقابل این باور هم وجود داشت که قوه قضاییه را می‌توان با نگاه سنتی هدایت کرد. آیت‌الله مهدوی‌کنی خواستار آن شد که مردم مثل صدر اسلام اختلافات خود را به مساجد ببرند تا در آنجا حل و فصل شود و در مقابل پاسخ شنید که جنس دعاوی تفاوت کرده است و کجا یک روحانی می‌تواند در مسجدی بنشیند و هم درباره اختلافات مالی و بیمه‌ای و بانکی حکم صادر کند و هم در مورد اختلافات خانوادگی؟
با این حال، استدلال شد که دادسرا در قضای اسلامی جایی ندارد. مطابق آیین دادرسی مدرن که در جمهوری اسلامی نیز به رسمیت شناخته شده بود، دعاوی ابتدا در دادسرا مطرح می‌شد و این دادستان بود که کیفرخواست را صادر می‌کرد تا وکیل مدافع متهم دفاع کند و قاضی با استماع استدلالات دو طرف به نتیجه برسد و حکم صادر کند. حال آن که با حذف دادسرا، عملاً قاضی در مقام رییس دادگاه خود یک طرف دعوا شده بود. نتیجه این تصمیم نظام قضایی را دچار تغییرات جدی کرد و اثرات خود را بیش از هر جای دیگر در جریان دادگاه کرباسچی نشان داد که رییس وارد بحث و گفت‌وگو با متهم و وکیلان او می‌شد. البته جای این شکر باقی ماند که به حذف دادسرا بسنده شد و برای حذف وکیل و وکالت اقدام نکردند. البته در ابتدای انقلاب و در دادگاه‌های شرع که برای محاکمه سران نظامی رژیم گذشته برپا می‌شد انتخاب وکیل رایج نبود. آیت‌الله شیخ صادق خلخالی در کتاب خاطرات خود می‌نویسد: «در مورد این که چرا اجازه نمی‌دهیم مجرمین وکیل انتخاب کنند باید بگویم ما در قوانین شرع و الگوی اسلامی نداریم که کسی بتواند برای خود وکیل انتخاب کند. مگر این که لال باشد و کسانی را که ما محاکمه می‌کنیم لال نیستند و عقل‌شان هم می‌رسد که جواب‌ها را بدهند. چون اصولاً ما چیزی نمی‌پرسیم که آنها از جواب دادن به آن عاجز بمانند. ما می‌پرسیم: «مثلاً فلان شخص را تو کشتی؟ می‌گوید: بله. می‌پرسیم: «چطور کشتی؟» مثلاً می‌گوید: از پشت به او تیراندازی کردم و اینها مسایلی نیست که نیاز به وکیل داشته باشند و کارشناس». ]ایام انزوا – خاطرات آیت‌الله خلخالی – نشر سایه – صفحه 78[
آیت‌الله محمد یزدی دادسراها را برچید اما دست به وکیل و وکالت نزد. با این حال امکان ارجاع همه پرونده‌ها به دادگاه‌های عمومی فراهم نیامد و عملاً محاکم خاص به رسمیت شناخته شد. جالب‌تر از همه این که دادگاه ویژه روحانیت برپا ماند و در دوران آقای یزدی و خارج از نظارت او دو محاکمه بسیار جنجالی و پر سر و صدا – محسن کدیور و عبدالله نوری – نیز انجام داد. اندک اندک تعداد دادگاه‌های خاص و اختصاصی افزایش یافت تا  عملاً تنها دادسراها حذف شده باشند و ایده ارجاع همه پرونده‌ها به محاکم عمومی تحقق نیابد. دادگاه کرباسچی لزوم احیای دادسراها را بیش از پیش به اثبات رساند تا او ناخواسته منشاء تحول در دستگاه قضا هم شده باشد اما آیت‌الله یزدی زیر بار نرفت و پس از او و در دوران ریاست آیت‌الله هاشمی شاهرودی بود که دوباره دادسراها برپا شدند و بسیاری از دعاوی را همان جا ختم کردند تا از حجم پرونده‌های ارجاعی به محاکم کاسته شود.

خطبه‌های نمازجمعه
ششم: نمی‌توان به آقای یزدی اشاره کرد و از خطبه‌های وی در نمازجمعه نگفت. همان گونه که هاشمی رفسنجانی سیاست‌های دولت سازندگی را در خطبه‌های نمازجمعه بیان می‌کرد، محمد یزدی نیز سیاست‌های قضایی را شرح می‌داد. این گونه بود که مواضع رییس قوه قضاییه در جمعه‌هایی تبیین می‌شد که او امام جمعه بود. از این تریبون بود که با ادامه فعالیت روزنامه‌نگاران «جامعه» در روزنامه «توس» مخالفت کرد از همین تریبون بود که ابراز شگفتی کرد که یک زن – شیرین عبادی – درباره مسایل قضایی نظر می‌دهد. احتمالاً اهمیتی نداشت که او وکیل دعاوی است و پیش از انقلاب قضاوت هم کرده است بلکه وجه شگفت‌آور قبل از هر چیز قضیه زن بودن خانم عبادی بود. هیچ یک از مقامات جمهوری اسلامی به اندازه آیت‌الله محمد یزدی از منظر سنت با زنان برخورد نکرده‌اند. او در مصاحبه‌ای با افتخار از این موضوع یاد کرده بود که وقتی مسوولیتی را در مجلس پذیرفت ابتدا عذر «چند زن» را خواست. یک بار هم در نمازجمعه ابراز تعجب کرد که چطور بعضی از دختربچه‌های 4 یا 5 ساله سوار سه‌چرخه می‌شوند و در کوچه بازی می‌کنند زیرا عادت می‌کنند و بزرگ‌تر هم که شدند می‌خواهند همین روال را ادامه دهند. با این که خاطره خطبه‌های او با خشم و غیظ و دهان کف‌آلود آغشته است اما انصاف می‌باید داد که با صداقت آنچه را که در ذهن داشت بر زبان می‌آورد و بیم آن نداشت که در بیرون چه برداشتی صورت می‌پذیرد. با این توضیحات بسیار عجیب است که در قبال معرفی سه وزیر زن در دولت محمود احمدی‌نژاد سکوت کرد. چرا که پیداست ایشان از آن دسته از روحانیون است که معتقدند زنان حق قضاوت، ریاست و ولایت ندارند زیرا در قرآن کریم به صراحت از قوامیت مردان بر زنان سخن به میان آمده است.

خاتمی و اصلاحات
هفتم: محمد یزدی در انتخابات سال 76 در قالب جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از رقیب خاتمی حمایت کرد. او در عین حال عضو شورای نگهبان نیز بود. برای اولین بار شورای نگهبان، لیست کاندیداهای تایید صلاحیت شده را نه بر پایه حروف الفبا که براساس رای موافق که در شورای نگهبان کسب کرده بودند اعلام کرد. بدین ترتیب به جای این که اسامی را این گونه اعلام کنند: خاتمی، زواره‌ای، محمدی ری‌شهری و ناطق‌نوری (خ –ز-م-ن) به این صورت اعلام کردند: ناطق نوری، ری‌شهری، خاتمی و زواره‌ای. گفته می‌شود این روش را آقای یزدی پیشنهاد کرده بود تا متدینین گمان نبرند که فقهای شورای نگهبان، سیدمحمد خاتمی را در اولویت می‌دانند و بدانند که نظر آنان و کاندیدای اصلح علی‌اکبر ناطق‌نوری است. اما خاتمی رییس جمهوری شد در حالی که محمد یزدی رییس قوه قضاییه بود. نارضایتی از گفتار و رفتار شیخ هویدا بود. در حالی که هیچ مناسبت و پیشینه‌ای در قانون اساسی نداشت رییس وقت دستگاه قضایی در مراسم تحلیف (سوگند) رییس جمهور خاتمی در مجلس شورای اسلامی بحث «دادگاه قانون اساسی» را مطرح کرد تا از دست بالاتر قوه قضاییه نسبت به قوه مجریه سخن گفته باشد. مهم‌ترین تقابل دو قوه در دادگاه کرباسچی و توقیف مطبوعات و ابطال برخی از بخشنامه‌های دولت رخ داد اما خطبه‌های نمازجمعه نیز برکنار نبود.
در سال 1377 و در حالی که بهای هر بشکه نفت به زیر 10 دلار سقوط کرد و اداره اقتصاد کشور بسیار دشوار شده بود و انتظار می‌رفت در تریبون‌های عمومی این واقعیت گفته شود برخی و از جمله آقای یزدی رویه‌ای متفاوت اتخاذ کردند و در خطبه‌های نمازجمعه مطالبات اقتصادی و معیشتی دامن زده می‌شد و از دولت انتقاد می‌کردند که چرا توسعه سیاسی را بر توسعه اقتصادی ارجح می‌داند. این در حالی بود که دولت با دست خالی 30 میلیارد دلار سرمایه خارجی را به عسلویه آورده و 70 هزار شغل مستقیم در آن منطقه ایجاد کرده بود. رشد قیمت کالاهای اساسی مثل مسکن و خودرو متوقف شده و برای اولین بار صاحبان صنعت و بنگاه‌های اقتصادی در تصمیم‌سازی‌ها به بازی گرفته شده بودند. با این وصف این طور القا می‌شد که خاتمی و دولت او از بام تا شام به فکر کارهای سیاسی هستند و هیچ تصمیم و تدبیر اقتصادی و معیشتی ندارند.
10 سالی باید می‌گذشت تا نفت به جای 10 دلار به 150 دلار برسد و مردم بتوانند مقایسه کنند و انگشت حیرت به دندان بگیرند که چرا با نفت 10 دلاری تورم 14 درصد بود و با نفت 150 دلاری به 25 درصد هم رسید؟ ]مطابق آخرین گزارش اقتصادی سازمان کنفرانس اسلامی نرخ تورم افغانستان با 27 درصد در منطقه بالاترین و پس از آن ایران است با 26 درصد. این در حالی است که جایگاه ایران به عنوان قدرت اقتصادی به خاطر افزایش تولید ناخالص داخلی – GDP- ارتقا یافته است[

انتخابات ریاست جمهوری
هشتم: برخلاف بسیاری از روحانیون و همان گونه که گفته شد آیت‌الله یزدی در انتخابات اخیر از احمدی‌نژاد حمایت کرد. می‌توان حدس زد که انگیزه او بیش از آن که تایید رییس کنونی دولت باشد مخالفت با رقیبان او بوده است. او افکار و روش میرحسین موسوی و مهدی کروبی را به خوبی می‌شناسد و از ابتدای جمهوری اسلامی با این دو چالش داشته است. از سوی دیگر تشکل متبوع او – جامعه مدرسین – محظورات جامعه روحانیت را نیز برای اعلام حمایت نداشت. (منتقدان سرسخت احمدی‌نژاد – هاشمی، روحانی، دعاگو، ناطق نوری و اکرمی – از اعضای ارشد جامعه روحانیت هستند). با این حال وقتی دید بیانیه نمی‌دهند خودش از طرف آنها بیانیه داد. اما کمتر کسی حدس می‌زد به صورت تمام‌قد در برابر هاشمی بایستد. درست است که پیش از این قصد آن کرده بود که جای او را در کرسی ریاست مجلس خبرگان بگیرد اما آشکارا در برابر او قرار نگرفته بود. پیش از انتخابات که هاشمی نامه‌ای به رهبری نوشت و درباره اموال خود و خانواده‌اش به گفته‌ای از رییس وقت قوه قضاییه استناد کرد محمد یزدی در تعریضی به این نامه گفت این موضوع مربوط به 10 سال پیش است. یعنی این که اظهارات احمدی‌نژاد را نفی نمی‌کند. بعد از انتخابات هم در حالی که خطبه‌های هاشمی رفسنجانی در 27 تیر 88 مورد استقبال جناح‌های مخالف قرار گرفته بود محمد یزدی بود که از موضع نفی و مخالفت وارد شد تا معلوم شد اختلافات آنان تا چه اندازه جدی است. جان کلام آقای یزدی این بود که مشروعیت حاکم را خدا تعیین می‌کند و این مشروعیت هیچ وابستگی به رضایت و رای مردم ندارد بلکه تحقق آن منوط به مقبولیت نزد مردم است و امام علی را مثال زد که خلافت او نصب خداست ولی با 25 سال فاصله از رحلت پیامبر تحقق یافت. محسن آرمین در پاسخ مفصل و مستدل و مستند به آیات و روایات و احادیث یادآور شد: آنچه شیعه باور دارد «امامت» حضرت علی(ع) است و خلافت در همان پنج سال محقق شده است. (ضمن این که امام علی(ع) خود نیز در خطبه شقشقیه نهج‌البلاغه برای اثبات حقانیت خود در خلافت اشاره‌ای به اعتقاد شیعیان درباره عید غدیر نمی‌کند). البته انصاف می‌باید داد که بخشی از چالش و مناقشه بر سر «مشروعیت» به خاطر ترجمه این واژه از اصل اصطلاح فرنگی آن است. چون واژه «شرع» در آن مستتر و نهفته است این تصور را ایجاد می‌کند که در اصل کلمه نیز چنین مقصودی مدنظر بوده است.
این گفتار کامل نیست اگر یادآوری نشود که عباس پالیزدار نیز تعریضی به او داشته است و در ردیف اتهامات یا افترائات خود که به پاره‌ای چهره‌ها وارد کرد پای ایشان را نیز به سبب یک کارخانه به میان کشید. اما آقای یزدی برخلاف روحانیون محافظه‌کار دیگری چون امامی کاشانی و ناطق نوری که اظهارات او را به احمدی‌نژاد نسبت دادند خویشتن‌داری کرد و اتفاقاً بر حمایت خود از نامزد اصول‌گرایان افزود.
سرانجام این که آیت‌الله شیخ محمد یزدی از دبیری مجلس خبرگان استعفا کرد و نه از نایب رییسی آن و تازه آن اولی نیز پذیرفته نشد. او اما هم‌چنان نیم‌نگاهی به ریاست مجلس خبرگان دارد. با این حال ریاست جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز در جمهوری اسلامی یک مسند و منصب سیاسی به حساب می‌آید. در توضیح این نکته اخیر خود وی در کتاب خاطرات (صفحه 531) می‌گوید: «یک بار در ایامی که مقام معظم رهبری در پست ریاست جمهوری بودند از ایشان وقت گرفتم تا به همراه اعضای بخش سیاسی که مسوولیت آن را برعهده داشتم خدمت برسم. فرمودند: در نظام‌های حکومتی در برخی مواقع و موارد حکومت نمی‌تواند به طور مستقیم وارد شود و اظهارنظر کند. در عین حال دوست دارد که کلام و مرام او از کانال یک تشکیلات ذی‌نفوذ در میان عامه ابراز شود. در این حال نظام اگر هم از تشکیلات یاد شده حمایت کند در خفا خواهد بود... جامعه مدرسین حکم همان تشکیلات را دارد.»